首先，要将财政专项资金的绩效审计与经济责任审计相结合，切实落实“问责制”，将三者有机地结合在一起，发挥更大作用。绩效审计结果与领导干部本人的干部考核相结合，作为领导干部业绩考核和职务任免的参考依据。干部管理部门和纪检监察机关应及时将绩效审计成果利用情况反馈给审计机关。另外，还要将财政专项资金绩效审计与经济责任审计和问责制有机地结合。财政专项资金绩效审计与经济责任审计相结合，是加强对权力的制约和监督，促进领导干部廉政勤政，提高财政专项资金利用效率的重要举措。绩效审计与经济责任审计相结合是控制权力，提高政府工作效率的重要组成部分，在今后较长时期内，这将是审计机关的一项重要职责和长期工作任务。
　　
　　其次，要使财政专项资金的绩效审计与人大、政协、监察、纪检等部门形成互动，保证财政专项资金的规范管理。要使财政专项资金绩效审计的成果严谨细致，有充分的价值，能够被人大、政协等职能部门所利用，使审计成果与这些部门的监督职能有力地结合在一起，发挥人大、政协的监督职能，切实发挥审计工作的执法监督作用，
　　
　　再次，要借助社会舆论的监督力量，从更广义的层面上进行监督，为财政专项资金的使用提供全方位的监督机制。要在全社会提高绩效审计的向心力、凝聚力和影响力，要在人民群众心中形成一种纳税人意识，要使老百姓认识到无论是财政专项资金的来源还是使用不是与己无关，而正是恰恰与他们每个人都息息相关，加强人民群众当家作主的民主意识，使老百姓产生一种强烈的要主动监督财政专项资金使用的意识，以推动财政专项资金的高效使用。
　　
　　财政专项资金绩效审计是一个重要的审计课题，审计人员应当以优化财政专项资金的支出结构，调整增量部分为目的，保证财政专项资金运用的经济性、效率性、效果性。